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Actualité des entreprises

Vast Data accélère 4 fois plus rapidement l’analyse des données de séquençage

Publication: 24 septembre

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Le choix de Vast Data comme base de sa plateforme de séquençage à haut débit permet au laboratoire français d’évoluer de manière transparente avec de nouveaux pipelines...
 

Vast Data, la data plateforme haute performance taillée pour l’IA a annoncé que le laboratoire français de Biologie Médicale, spécialisé dans la médecine génomique, SeqOIA (Sequencing Omics Information Analysis Cooperative Health Group), a choisi, au travers du marché public de la coopérative d’acheteurs UniHa, la plateforme de données full-flash Universal Storage de Vast. Cette dernière permet au laboratoire d’accélérer et d’optimiser l’analyse des données de génétique pour le diagnostic médical.

Depuis la mise en service de la plateforme Vast en mars 2022, SeqOIA a accéléré quatre fois plus rapidement le temps d’analyse du génome. "En termes de gestion de notre production, cela a changé notre vie. Dans notre secteur, le temps perdu équivaut à des analyses retardées, et à des patients qui n’ont pas de retour", déclare Alban Lermine, directeur des systèmes d’information et de la bioinformatique de SeqOIA. De plus, après s’être associé à Vast, le laboratoire SeqOIA a supprimé les tentatives de lecture et d’écriture de données non résolues, réduisant ainsi les erreurs pour éviter les manques ou retards de résultats pour les patients.

"L’architecture flexible de Vast nous donne le choix de faire évoluer de manière transparente l’informatique et la capacité de stockage de manière totalement indépendante, ce qui est compliqué avec les autres solutions du marché," déclare Alban Lermine "À l’avenir, nous envisageons de déployer d’autres méthodes de traitement destinées à découvrir de nouveaux événements moléculaires responsables de maladies rares et de cancers. Au fur et à mesure de notre évolution, chaque nouveau pipeline nécessitera plus d’entrées/sorties, mais pas nécessairement plus de volume de stockage. C’est un avantage évident de l’utilisation de Vast : nous sommes en mesure de concevoir un système où il n’y a pas de "stockage gaspillé dans notre infrastructure. "

En outre, SeqOIA peut désormais concrétiser sa vision d’une infrastructure de stockage full-flash, sans encourir de coûts exorbitants. Les techniques uniques de réduction des données basées sur la similitude de la plateforme de données Universal Storage de Vast permettent à SeqOIA de doubler le volume de données sans dépenser plus pour le stockage. Par exemple, le laboratoire utilise 16 téraoctets (To) d’index Elastic Search redondés pour la haute disponibilité, pour un coût de seulement 8 To d’Universal Storage.

La plateforme de données full-flash de Vast Data remplace la solution de stockage précédente de SeqOIA, basée sur des disques durs, qui atteignait des limites de performance sur tous les grands ensembles de données génétiques, entraînant une perte de temps et d’analyse. Le laboratoire était confronté à un problème de traitement de ses données de séquençage en raison de leur complexité et de leur volume en constante augmentation. À la recherche d’une solution capable de résoudre ce problème, SeqOIA s’est tourné vers Vast pour déployer une plateforme abordable et évolutive offrant la simplicité et les performances nécessaires à la prise en charge des données génomiques à toute échelle.

“ Avec l’activité du Laboratoire SeqOIA en France, nous prouvons les caractéristiques de performance sans faille et d’évolutivité flexible de notre architecture Universal Storage pour le secteur de la santé, un secteur à forte intensité de données ", déclare Vincent Gibert, directeur régional SEUR de Vast Data.

Pour Alban Lermine, Vast Data ne se résume pas qu’à une technologie de pointe. L’expertise du service client a été une raison supplémentaire de choisir Vast. L’équipe locale de Vast fournit le support "sur le terrain" et son programme global Co-Pilot surveille de manière proactive les opérations et atténue les problèmes, le cas échéant. "Vast se consacre vraiment à notre réussite ; on a vraiment l’impression que l’équipe de services et d’assistance est une extension de l’équipe informatique de SeqOIA", conclut-il.

Grâce au séquençage du génome entier, SeqOIA recherche différents types d’événements génétiques (mutations ponctuelles, insertion/délétion, fusions, variations du nombre de copies, etc.) chez les patients afin de mieux caractériser les pathologies et ainsi proposer un conseil génétique aux familles ou une nouvelle ligne de traitement. Dans le cadre du Plan français pour la médecine génomique (France Médecine Génomique 2025), SeqOIA est l’un des deux laboratoires nationaux intégrant le séquençage du génome complet dans le système de santé français, au bénéfice des patients atteints de cancer et de maladies rares. Le laboratoire a séquencé plus de 20 000 génomes depuis 2019.

https://www.vastdata.com/

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