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Lancée en collaboration avec plusieurs sociétés, Benchling Automation s’appuie sur un écosystème ouvert pour intégrer le laboratoire dans la boucle d’automatisation.

Benchling, la plateforme de R&D utilisée par plus de 1 300 entreprises de biotechnologie dans le monde, annonce le lancement de Benchling Automation, une solution conçue pour fonctionner avec les équipements de différents fabricants et relier les instruments de laboratoire, les systèmes d’automatisation et les dossiers scientifiques au sein d’une boucle unique, actualisée en continu.

Jusqu’à présent, la mise en place d’une telle connexion nécessitait des intégrations spécifiques à chaque instrument, du code sur mesure pour traiter les formats de données propriétaires et une refonte complète à chaque modification d’un workflow. Benchling Automation fonctionne avec les équipements déjà en place et s’intègre aussi bien à Benchling qu’à toute autre plateforme ELN/LIMS, sans dépendre d’un fournisseur unique ni nécessiter de développement spécifique.

Pour répondre au besoin de tester et valider plus vite et à grande échelle, Benchling s’appuie sur HighRes et Automata pour les cellules de travail, Ginkgo Bioworks pour les laboratoires autonomes, Celltrio pour la culture cellulaire automatisée, ainsi qu’Opentrons et Hamilton pour la manipulation de liquides. Des intégrations standardisées permettent aux workflows conçus dans Benchling de s’exécuter directement sur les équipements de ces partenaires. Les équipes conservent ainsi la liberté de choisir leurs fournisseurs de matériel et leur infrastructure d’automatisation.

Le fonctionnement de Benchling Automation

Lorsqu’un scientifique conçoit une expérience, Benchling Automation en orchestre l’exécution sur une cellule automatisée ou un instrument, puis rapatrie automatiquement les données brutes et les résultats d’analyse dans l’entrée correspondante de son cahier de laboratoire électronique.

Les analyses sont exécutées automatiquement. Les résultats sont ensuite enregistrés dans le dossier scientifique et reliés aux échantillons et aux expériences qui les ont générés. Une démonstration de ce fonctionnement avec HighRes est disponible en ligne.

« Les laboratoires en boucle fermée sont faciles à présenter, mais difficiles à exploiter en production. Les systèmes supposent souvent l’usage du matériel ou de l’environnement de données d’un seul fournisseur, alors que les laboratoires utilisent des équipements et logiciels de nombreux fabricants », déclare Derek Halliday, Head of Product chez Benchling. « Benchling Automation relie les modèles, instruments, cellules de travail et systèmes logiciels déjà utilisés par les scientifiques, ce qui permet d’étendre la boucle au-delà d’une seule équipe. »

Les équipes peuvent récupérer dans Benchling les données de plus de 200 instruments, via fichiers ou API, dont des lecteurs de microplaques, manipulateurs de liquides, analyseurs de culture cellulaire et systèmes de PCR quantitative. Elles peuvent aussi créer et modifier, sans code spécifique, les workflows déclenchés à la fin d’une analyse. La logique est conçue une fois, réutilisée à chaque exécution et mise à jour sans reconstruction.

Elles peuvent écrire directement du Python dans Benchling pour réaliser des transformations et analyses propres à leur laboratoire, sans outil externe ni intervention manuelle, tout en préservant la traçabilité. Graphiques, ajustements de courbes et résultats statistiques sont intégrés au dossier scientifique et reliés à l’échantillon source.

Benchling Automation réunit Benchling Connect et Benchling Advanced Analytics dans une offre enrichie. Les nouvelles fonctions disponibles comprennent le code personnalisé, la conception de workflows d’automatisation et les intégrations partenaires.

Ce lancement complète les solutions d’IA de Benchling pour la R&D. Benchling Inference, qui s’appuie sur Baseten, met à disposition des capacités de calcul GPU adaptées aux pics de charge des équipes de biotechnologie, ainsi que des intégrations natives avec des modèles scientifiques. Model Hub intègre les modèles prédictifs directement aux workflows et rattache leurs résultats au dossier de R&D.

La commande directe auprès de Twist Bioscience, Adaptyv Bio et Ginkgo Bioworks relie conception expérimentale, synthèse et exécution sans transfert manuel. Benchling AI parcourt les données, génère des rapports et prend en charge des recherches scientifiques complexes dans Benchling.